Query: 1 ------------------------gtcccagcaatgacagcatcgggaagtccca-----
Dentro de la linea que contiene la secuencia existen espacios definidos. Esto facilita el posicionamiento para la idnetificacion de la secuencia y su posterior comparacion contra un patron dado de busqueda.

my (%query_counts, %sbjct_counts);

#search and store
foreach my $pattern (@patterns)
{
while ($query_src=~ /$pattern/g)
{
$query_counts{$pattern}++;
}
while ($sbjct_src=~ /$pattern/g)
{
$sbjct_counts{ $pattern }++;
}
}

Estas lineas de codigo definen la identificacion y el conteo, para un mejor entendimiento de los comandos aqui utilisados por favor refierase a la bibliografia dada.

Basicamente lo que se le indica aqui a PERL es que tome posiciones excalares de las definidas en el vector @patterns, y que con estas posiciones lleve a cabo una busqueda y conteo para cada caso.

Para cada patron de la lista de patrones, mientras que el valor de $query_counts coincida con el de un patron cuente y almacene. Ese es basicamente el proceso que estas lineas de codigo efectuan.

'-' seen 58
'cagct' seen
'gcaatg' seen 2
'gtccca' seen 4
'tcggga' seen 2

en query

'-' seen 15
'cagct' seen
'gcaatg' seen
'gtccca' seen 2
'tcggga' seen 2

en sbjct

#open the blast data file and end prg (DIE) if we can't find it open(IN,
#$blast_file) or die
open (IN, $blast_file) or die "$0: ERROR: $blast_file: $!";

#go trought the blast file line by line, concat all the query and sbj seqs
###while (my $line=<IN>)

my $line;
while ($line=<IN>)
{
chomp $line;
print "processing line $. \n";
# open (IN, $blast_file) or die "$0: ERROR: $blast_file: $!";
my @words=split /\s+/, $line;
if ($line=~ /^Query/)
{
$query_src .=$words[2];
}
elsif ($line =~ /^Sbjct/)
{
$sbjct_src .=$words[2];
}
}
#next line closes the blast file
close IN;

#analysis part
my @patterns=('gtccca', 'gcaatg', 'cagct', 'tcggga', '-');

#find the patterns and sotore them in to the hashes
my (%query_counts, %sbjct_counts);

#search and store
foreach my $pattern (@patterns)
{
while ($query_src=~ /$pattern/g)
{
$query_counts{$pattern}++;
}
while ($sbjct_src=~ /$pattern/g)
{
$sbjct_counts{ $pattern }++;
}
}

#create an empty report fele
open (OUT, ">$REPORT_FILE") or die "$0: ERROR: cant write $REPORT_FILE";

#print the header of the report file
print OUT "Seq report \n",
"lo que sea ", scalar localtime, "\n",
"\nnote in the sakasl saklkskfkdkskskjfkddkfj \n",
"total lenght of the 'Query' seq: \n" ,"\nlenght $query_src, characters \n" , "results for 'Query' :\n";

#my $thetime = scalar (localtime);

#print OUT <<"END_OF_REPORT";
#Seq report
#lo que sea $thetime

#NOTEdfaasafsaada
#total lenght of the query dseq: lenght $query_src characters
#results for 'Query' :
#END_OF_REPORT

#print the query mathces
foreach my $key (sort @patterns)
{
print OUT "\t '$key' seen $query_counts{$key}\n";
}
print OUT "\nTOTAL lenght of 'Sbjct' seq: ","\nlenght $sbjct_src", "cahracters\n", "resoults for 'Sbjct':\n";

#print the sbjct mathces
foreach my $key (sort @patterns)
{
print OUT "\t'$key' seen $sbjct_counts{$key}\n";
}

close OUT;

__END__

Para correrlo es nesesario contar con un archivo de entrada. en este caso es fijo, por defecto buscara a :

blast.dat

y por defecto generara report.txt como OUTPUT

Una explicacion similar de este pequeno juego de comandos en PERL se puede encontrar en: Developing Bioinformatics computer skills, de O´Reilly editores, escrito por Cynthia Gibas&Per Jambeck, pagina 342, este libro hace parte de la bibliografia recomendada.

Para entender como se puede de algun modo tener un proceso para la solucion de problemas consulte aqui.