ASticks : Esta representación, presenta los enlaces en forma de cilindros trazados entre los respectivos átomos de la molécula.

ABalls & Stick :  Esta representación muestra los atómos y los enlaces de toda la molécula.
 

ASpacefill : Esta representación muestra los átomos con esféras sólidas, con su respectivo radio de Van der Waals a escala.
 

ACartoons : Esta es una representación que destaca la estructura secundaría de la proteína, la molécula se representa como una cinta densa que une los átomos del enlace peptídico, con mayor anchura en los segmentos en a-Hélice y Hoja Plegada b

ABackbone : Esta es la representación molécular más simple, en forma de una línea que une los carbonos alfa de cada uno de los residuos de la cadena peptídica.
 

AStrands : En esta  representación, la molécula se representa como conjunto de líneas paralelas que unen los átomos del enlace peptídico, con separación de los trazos, en los segmentos en a-Hélice y Hoja Plegada b
 

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