Parámetros
Internos
Parámetros
Internos
RasMol
posee un cierto número de parámetros internos que pueden
ser modificados usando la orden "set".
Estos parámetros controlan un cierto número de opciones
del programa como las opciones de presentación y el mapa de botones
del ratón.
Syntax: set ambient {<value}
El parámetro "ambient" de RasMol se usa para controlar la intensidad de la luz de fondo en la pantalla. El valor de "ambient" debe estar comprendido entre 0 y 100; este valor se encarga de controlar la intensidad, en porcentaje, de la sombra más oscura de un objeto. En el caso de que el objeto sea opaco, este valor es la intensidad de las superficies que estén fuera de la fuente de luz o a la sombra. Para objetos con profundidad (depth-cued) es la intensidad de los objetos más alejados del observador.
Este parámetro se utiliza para monitores con diferentes valores
gamma de brillo, para cambiar el grado de claridad u oscuridad con el que
aparece una imagen al ser impresa desde pantalla; o bien para alterar la
sensación de profundidad producida en las representaciones de alambre
o cinta.
Syntax: set axes <boolean
set axes on
set axes off
El parámetro de RasMol "axes" controla
la visualización de los ejes de coordinadas ortogonales en la representación
actual. Los ejes coordinados son aquellos utilizados en el archivo de datos
de la molécula y el origen es el centro de la caja de unión
de la molécula. La orden "set axes"
es parecida a "set boundbox" y "set
unitcell", que visualizan la caja de unión y la celda unidad
cristalográfica respectivamente. Con "set
axes on" los caracteres X, Y y Z se visualizan en la dirección
positiva de los ejes cartesianos.
Syntax: set backfade on
set backfade off
Se puede "sombrear" un color de fondo arbitrario, en lugar del simplemente
negro. Se controla con los comandos "set backfade
on" y "set backfade off". Por ejemplo,
podemos usar esta característica para generar representaciones wireframe
(alambre) con profundidad que se desplacen al blanco, en lugar de simplemente
negras.
Syntax: set background {<colour}
El parámetro de RasMol "background"
se utiliza para establecer el color del fondo. Puede especificarse el color
con el nombre correspondiente, o bien por medio de componentes tripletes
de Rojo, Verde y Azul (RGB) separados por comas y delimitados por corchetes.
Help colours proporciona una lista de los nombres de colores predefinidos
y reconocidos por RasMol. Si se utiliza X Windows, RasMol es capaz de reconocer
aquellos colores que se encuentran en la base de datos de nombres de colores
del servidor X. Las órdenes "set background"
y "background" son sinónimas.
Syntax: set bondmode and
set bondmode or
La orden de RasMol "set bondmode" controla
el mecanismo utilizado para seleccionar enlaces individuales. Al utilizar
las órdenes "select" y "restrict"
se selecciona un determinado enlace, sí el modo de enlace es "or"
cualquiera de los átomos conectados es seleccionado; o bien si el
modo de enlace es "and" los dos átomos conectados por el enlace
son seleccionados. Por lo tanto, se puede seleccionar un enlace dado identificado
con la orden "set bondmode and" y luego seleccionando
únicamente los átomos a ambos extremos.
Syntax: set bonds <boolean
La orden RasMol "set bonds" controla
la visualización de enlaces dobles y triples como líneas
o cilindros múltiples. Actualmente esta orden solo puede ser leída
en ficheros de formatos MDL Mol, Sybyl Mol2, Tripos Alchemy y algunos Brookhaven
PDB. Los enlaces dobles y triples se especifican en archivos PDB especificando
un enlace dos o tres veces en registros CONECT. El comando "set
bonds on" activa la visualización de la orden "bond"
y las ordenes "set bonds off" y
"set bonds off" la desactiva.
Syntax: set boundbox <boolean
El parámetro "boundbox" de RasMol
controla la visualización de las cajas de unión de la molécula
en cuestión. La caja de unión es ortogonal a los ejes coordinados
originales del archivo de datos. La orden "set boundbox"
es parecida a "set axes" y "set
unitcell"; éstas últimas visualizan ejes de coordenadas
ortogonales y la celda unidad respectivamente.
Syntax: set cartoon <boolean
set cartoon <number
Por defecto, el extremo C -terminal de las hojas beta se visualiza
como cabeza de flecha. Podemos activar o desactivar esta representación
usando la orden "set cartoons", y ajustar
la profundidad de la imagen. La orden "set cartoons"
sin parámetros devuelve las opciones a sus valores por defecto.
Syntax: set display selected
set display normal
Esta orden controla el modo de visualización en RasMol. Por
defecto, "set display normal", visualiza la
molécula en la representación especificada por el usuario.
La orden "set display selected" cambia el
modo de visualización de tal manera que la molécula aparece
temporalmente dibujada para indicar su parte seleccionada. El esquema de
color especificado por el usuario y la representación permanecen
inalterados. En esta representación los átomos seleccionados
aparecen en amarillo, mientras que los no seleccionados en azul. El color
de fondo pasa a ser gris oscuro para indicar el cambio en el modo de visualización.
En la mayoría de los casos, esta orden es únicamente utilizada
por Interfaces Gráficos del Usuario externos (IGU).
Syntax: set hbonds backbone
set hbonds sidechain
El parámetro de RasMol "set hbonds"
determina
si los enlaces de hidrógeno se trazan entre los átomos donantes
y aceptantes del enlace de hidrógeno "set
hbonds sidechain", entre los átomos de carbonos alfa del
eje de la proteína, "set hbonds backbone",
o entre los átomos de fósforo del eje del ácido nucleico
"set
hbonds backbone". La orden "hbonds"
controla la visualización real de los enlaces de hidrógeno.
El trazado de enlaces de hidrógeno entre los carbonos alfa de proteína
o los átomos de fósforo de los ácidos nucleicos resulta
útil cuando el resto de la molécula es representada esquemáticamente,
con los modelos "backbone", "ribbons" o "strands". Este parámetro
es similar a "ssbonds".
Syntax: set fontsize {<value}
La orden "set fontsize" sirve para controlar
el tamaño de los caracteres de las etiquetas "labels"
de los átomos. Este valor corresponde a la altura de los caracteres
visualizados en pixels. El valor máximo de fontsize es de 32, mientras
que el valor inicial es de 8 pixels de altura. Para visualizar las etiquetas
de los átomos en la pantalla se utiliza el comando de RasMol "label",
y para cambiar el color de dichas etiquetas, "colour
labels".
Syntax: set hetero <boolean
El parámetro "set hetero" sirve
para modificar el funcionamiento preestablecido de la orden "select"
de RasMol, esto es, el funcionamiento de "select" sin ningún parámetro.
Cuando este valor es falso (false), la región inicial de "select"
no incluye ningún átomo heterogéneo (véase
hetero). Cuando este valor es verdadero (true), la región inicial
select puede contener átomos hetero. Este parámetro es parecido
a "hydrogen", que determina si los átomos
de hidrógeno deberían incluirse en el grupo inicial. Para
los parámetros "hetero" e
"hydrogen" si son "verdaderos",(true), la orden "select" es equivalente
a "select all". Véase también esquema de colores de grupo,
que es afectada por el valor del parámetro hetero. El tema Hetero
Atoms en el Menu de opciones de RasMol puede también ser usado para
modificar el valor del parámetro hetero.
Syntax: set hourglass <boolean
Este parámetro "set hourglass"
sirve para que el usuario pueda activar o desactivar el uso del cursor
"reloj de arena", utilizado por RasMol para indicar que el programa en
esos momento está ocupado configurando el siguiente marco. La orden
"set
hourglass on" activa el indicador; mientras que "set
hourglass off" impide a RasMol cambiar el cursor. Esto resulta especialmente
útil al girar a molécula, ejecutar una secuencia de órdenes
desde un fichero de texto (script) o al utilizar la comunicación
entre procesos para ejecutar secuencias complejas de órdenes. En
éste caso un cursor parpadeante podría distraer la atención.
Syntax: set hydrogen <boolean
Este parámetro "hydrogen" modifica
el comportamiento por defecto de la orden "select",
es decir el comportamiento de select sin ningún parámetro.
Si este valor es "falso" (false), la región por defecto de select
no incluye ningún átomo de hidrógeno o deuterio (sino
que se refiere al grupo predefinido "hidrógeno" -hydrogen-). Si
el valor del es "verdadero" ("true"), la región por defecto de select
puede contener átomos de hidrógeno. Este parámetro
es parecido a "hetero" que determina si los
átomos heterogéneos deberían ser incluidos en el grupo
inicial. Si el valor de los dos parámetros (hydrogen y hetero) es
verdadero, select equivale a select all.
Syntax: set kinemage <boolean
La orden de RasMol "set kinemage" controla
la cantidad de detalles almacenados en un archivo de salida Kinemage, creado
por la orden "write kinemage". Los archivos
de salida kinemage están pensados para que el programa Mage de David
Richardson los visualice. La orden preestablecida "Set
kinemage false" sólo almacena en el archivo de salida de
datos generados en la representación que está siendo visualizada
en ese momento. La orden "set kinemage true"
genera un Kinemage más complejo que contiene tanto las representaciones
de alambre y de backbone, como los ejes coordinados, la caja de unitaria
y la célula de unidad de cristal.
Syntax: set menus <boolean
La orden "set menus" activa la barra
o botones del menú sobre el fondo de la pantalla. Por lo general,
únicamente hacen uso de esta orden los Interfaces Gráficos
de Usuario. En Microsoft Windows, esta orden se utiliza para crear imágenes
lo más grandes posibles.
Syntax: set monitor on
set monitor off
Las etiquetas de monitor a distancia "distance monitor labels" pueden
ser anuladas con la orden "set monitors off",
y restablecidas con la orden "set monitors on".
Syntax: set picking on
set picking off
set picking none
set picking ident
set picking distance
set picking monitor
set picking angle
set picking torsion
set picking label
set picking centre
La serie de órdenes "set picking" actúa
modificando la forma en que un usuario interacciona con una molécula
visualizada en la pantalla de Rasmol.
Activar o Desactivar Atom Picking.
Al dar Click sobre un átomo con el ratón produce la
identificación y visualización del nombre del grupo (o residuo),
número del grupo, nombre del átomo, número de serie
del átomo y cadena en la ventana de órdenes. Esta conducta
se desactiva con la orden "set picking none"
y se restaura con "set picking ident". Desactivar
el picado usando "set picking off" es útil
cuando efectuamos una pausa con la orden pause en los script de RasMol
ya que previene la aparición de mensajes en la ventana de comandos
mientras el script esta suspendido.
Medir Distancias, Angulos y Torsiones.
Se pueden medir interactivamente distancias, ángulos y torsiones usando los comandos "set picking distance", "set picking monitor", "set picking angle" y "set picking torsion" respectivamente.
En estos modos, hacer click sobre un átomo resulta en que
esta sea identificado. Además cada átomo picado incrementa
un módulo contador tal que en modo de distancia se visualiza la
distancia entre ese y un segundo átomo, y siempre así. En
modo angular, cada tercer ángulo picado visualiza el ángulo
entre los tres átomos picados anteriormente, y en modo torsión
cada cuarto ángulo marcado produce la visualización del ángulo
de torsión entre los cuatro. Pulsando la tecla de desplazamiento
(shift) mientras picamos sobre un átomo, este módulo contador
no se incrementa, por lo que podemos medir distancias de otra forma.
Marcar átomos con el ratón.
El ratón puede ser usado también para obtener información
en forma de etiqueta de un átomo dado. La orden de RasMol "set
picking label" elimina la etiqueta de un átomo picado si
la tenía, o la visualiza sino la tenía.
Definir el Centro de Rotación con el ratón.
Una molécula puede ser centrada sobre el átomo especificado
usando "set picking centre" o
"set picking center". En este modo, al hacer click sobre un
átomo hace que todas las rotaciones sean alrededor de ese punto.
Syntax: set radius {<value}
La orden de RasMol "set radius" se utiliza
para alterar el comportamiento de la orden "dots" dependiente del valor
del parámetro "solvent". Cuando el
parámetro "solvent" es verdadero (true),
el parámetro "set radius" controla
la posibilidad de que la orden "dots" genere
una superficie Van der Waal verdadera. Si el valor de "radius"
no es cero, éste se utiliza como el radio de cada átomo en
lugar de su valor VdW verdadero. Cuando el valor de "solvent"
es verdadero (true), este parámetro determina el radio para el disolvente
de "la esfera de prueba" (`probe sphere'). El parámetro se puede
especificar en unidades rasmol enteras o en decimales en unidades angstróms.
El valor por defecto de este parámetro es determinado por el valor
de "solvent"; y cambiando "solvent"
se restablece radius en su nuevo valor inicial.
Syntax: set shadow <boolean
La orden de RasMol "set shadow" activa
y desactiva el trazado de radios de la imagen representada. Hasta ahora,
sólo la representación "Spacefill"
puede ser sombreada o emitir sombras. La capacidad de emisión de
sombras desactivará automáticamente el plano que corta el
eje Z utilizando la orden "slab off". El trazado
de radios dura aproximadamente 10 segundos en un proteína de tamaño
medio. Se recomienda que el proceso de sombrear sea desactivado mientras
que se manipula o transforma la molécula y que se active únicamente
una vez que se haya seleccionado un perspectiva apropiada, con el
fin de proporcionar una mayor sensación de profundidad.
Syntax: set slabmode <slabmode
El parámetro de RasMol "slabmode" controla el método de representación de los objetos cortados por el plano que corta el eje Z. Solo la representación de "spacefill" permite visualizar en modo "slab". Las representaciones de "bonds", "cartoons", "ribbons" y "strands" no son susceptibles de visualizarse en modo "slab".
Los Parámetros válidos de "slabmode" son "reject" (por defecto para bonds y cartoons), half, hollow, solid (por defecto para átomos en spacefill), y "section".
Reject:
Todos los átomos y enlaces se visualizan conjuntamente. Los
átomos o enlaces cortados por el plano z se ocultan por completo.
Cartoons, ribbons, y strands se cortan en o cerca del plano z. Esta es
la forma inevitable de presentación de todo excepto los átomos
representados en spacefill.
Half:
Solo las mitades frontales de los átomos representados en
spacefill que sean cortados por el plano z se visualizan, presentándose
como una superficie lisa esférica.
Hollow:
Los átomos en spacefill que son cortados por el plano de
slab se visualizan como una superficie esférica hueca con la porción
frontal al plano de corte oculta. Así puede verse a través
de estos átomos los átomos de atrás.
Solid:
Los átomos representados en spacefill que cortan el plano
Z se presentan como esferas sólidas con una superficie cortada y
lisa (como si se hubieran cortado con una navaja). Esta es la forma por
defecto.
Section:
Solo las superficies de corte de los átomos en spacefill
cortados por el plano se visualizan. Todos los átomos por detrás
o por delante de dicho plano se ocultan. La imagen es un plano de grosor
cero paralelo a la pantalla.
No hay modo de "slab" en RasMol que
visualice un autentico slab, es decir, una sección de grosor constante
distinto de cero. Tales planos de corte son definidos por dos planos sucesivos
de corte. Cualquier cosa por detrás del plano de corte, o por delante
del plano frontal, está oculta.
Syntax: set solvent <boolean
La orden de RasMol "set solvent" controla
el comportamiento de la orden "dots", dependiendo
del valor del parámetro solvent, la orden "dots"
genera bien una superficie Van der Waal o una superficie accesible al soluto
alrededor del grupo de átomos seleccionados. Al cambiar este parámetro
se reasigna el valor del parámetro "radius".
La orden "set solvent false", indica que deberíamos
generar una superficie VdW y restablecer el valor de radius a cero. La
orden "set solvent true" indica que un disolvente
accesible a la superficie de "Connolly" o "Richards" debería ser
dibujado y establecer el parámetro radius, el radio disolvente,
a 1, 2 angstróms (o 300 unidades rasmol).
Syntax: set specular <boolean
La orden de RasMol "set specular" activa
y desactiva la visualización de reflejos luminosos sobre aquellos
objetos opacos dibujados por RasMol. Los haces de luces especulares aparecen
como reflejos blancos de la fuente de luz sobre la superficie del objeto.
La aplicación actual de RasMol utiliza una función de aproximación
para generar este haz de luz. El coeficiente de reflexión especular
puede alterar los haces de luces especulares sobre la superficie de objetos
opacos; dicho coeficiente se puede modificar con la orden "set
specpower".
Syntax: set specpower {<value}
El parámetro "set specpower" determina
el brillo de los objetos sólidos representados por RasMol. Este
valor, entre 0 y 100, ajusta el coeficiente de reflexión utilizado
en los cálculos de haces de luces especulares. La orden "set
specular" activa y desactiva estos haces de luces especulares. Los
valores comprendidos entre 20 y 30 dan lugar a superficies con apariencia
de plástico. Los valores altos (20 o 30) crean superficies más
brillantes, como metales; mientras que los más bajos producen superficies
más difusas u oscuras.
Syntax: set ssbonds backbone
set ssbonds sidechain
El parámetro de RasMol "set ssbonds"
determina si se dibujan los puentes de disulfuro entre los átomos
de azufre de la cadena lateral (lo preestablecido) o entre los átomos
de carbono alfa en el eje de los residuos de cisteína. La orden
"ssbonds"
controla la visualización actual de puentes de disulfuro. El dibujar
puentes de disulfuro entre los carbonos alfas resulta útil cuando
el resto de la proteína aparece representada esquemáticamente
en "eje" (backbone) ,"cintas" (ribbons), o "filamentos" (strands). Este
parámetro es parecido a "hbonds".
Syntax: set stereo on
set stereo off
set stereo <boolean
El parámetro de RasMol "set stereo"
controla
la separación entre las imágenes izquierda y derecha. Activar
y desactivar "set stereo" no reposiciona el
centro de la molécula. El ángulo de separación entre
las dos vistas puede ser ajustado con la orden "set
stereo [-] <number", donde los valores positivos representan
visión relajada y negativos ojos cruzados. Actualmente, la visión
stereo no está implementada para los archivos de salida "vector
PostScript".
Syntax: set strands {<value}
El parámetro de RasMol "set strands"
controla el número de filamentos paralelos que se visualizan en
las representaciones en "cintas" ("ribbons") de las proteínas. Los
valores permitidos para este parámetro son 1, 2, 3, 4, 5 y 9. El
valor inicial es 5. En todas las cintas visualizadas, el número
de filamentos es constante. No obstante, la anchura de la cinta (la separación
entre los filamentos) sobre un residuo se puede controlar a través
de una base de residuo con el comando "ribbons".
Syntax: set transparent on
set transparent
off
La orden de RasMol "write gif <nombre de
archivo" permite la generación de imágenes transparentes
GIF. Se puede controlar con los comandos "set transparent
on" y "set transparent off".
Syntax: set unitcell <boolean
El parámetro "set unitcell" controla
la visualización de la célula unidad cristalográfica.
La célula de cristal se activa únicamente si la información
apropiada sobre la simetría de cristal se encuentra en el archivo
PDB. La orden "show symmetry" visualiza detalles
de los grupos espaciales y los ejes de las células de unidad cristalográfica.
La orden "set unitcell" es parecida a las
órdenes "set axes" y "set
boundbox" que visualizan ejes coordinados ortogonales y la caja
de unión respectivamente.
Syntax: set vectps <boolean
El parámetro "set vectps" controla
la forma en que la orden "write" genera archivos
de salida vectoriales . La orden "set vectps on"
activa el uso de perfiles negros alrededor de las esferas y enlaces de
cilindro con lo cual se produce un resultado de alta resolución,
similar al conseguido en los "dibujos animados". No obstante, la actual
aplicación de RasMol ilustra incorrectamente esferas interceptadas,
a su vez, por más de una esfera. Por lo tanto, los modelos "ball
and stick" son representados correctamente pero no los modelos de esferas
spacefilling. El comando "set vectps off"
desactiva, por defecto, los perfiles negros.
Syntax: set write <boolean
La orden de RasMol "set write" activa
(y desactiva) el uso de "save" y
"write" en los guiones (scripts), pero solo puede ser ejecutada
desde la línea de comandos. Por defecto, su valor es false, prohibiendo
la producción de archivos en cualquier script ejecutado al arrancar
(como aquellos cargados de un navegante WWW como Mosaic o NetScape). Sin
embargo, se puede arrancar RasMol interactivamente, escribiendo "set
write" on y entonces ejecutar el script para generar cada marco
usando el comando "source".
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RasMol
y Chime
